כל חריגה במבנה הרקמות השונות המרכיבות את חלל הפה, הפנים והלסתות עלולה להוות פתולוגיה – מצב תחלואתי. פתולוגיה של הרקמות הרכות עלולה להופיע בצורה של נפיחות, צמיחת יתר, פצע, שפשוף, הפרשה, שינוי צבע של הרקמה ועוד. פתולוגיה של עצם מתגלה ע"י רופא השיניים המטפל בבדיקה של צילומי רנטגן דנטליים. פתולוגיות של חלל הפה, הפנים והלסתות עלולות להיות מלוות בסימפטומים שונים (כאב, נפיחות, תחושת צריבה, ריח רע מהפה וכד') אך ישנם מצבים בהם המטופל אינו חש כלל בקיומה של הפתולוגיה. חשוב לדעת כי לא בהכרח קיימת ההתאמה בין מראה הפתולוגיה ו/או הסימפטומים הנלווים אליה לבין רמת החומרה שלה והסיכונים הטמונים בה. פתולוגיה של הפה, הפנים והצוואר עלולה להיות שפירה או ממארת, ובכל אחת משתי הקבוצות הללו קיימות פתולוגיות בעלות דרגות שונות של חומרה ושל סיכון פוטנציאלי לגרימת נזק לסובל מהן.

מבנהו החבוי יחסית של חלל הפה מקשה על גילוי מוקדם של פתולוגיה בחלל הפה. מטופל ירגיש בקיומה של פתולוגיה כזו רק כאשר היא תגיע לגודל ניכר או כאשר הוא יתחיל לסבול מהסימפטומים הנלווים אליה. רופא השיניים המטופל עשוי לגלות את הפתולוגיה בבדיקה שגרתית של חלל הפה או בעקבות פניה של המטופל לבדיקה בעקבות תחושה של שינוי כלשהו בחלל הפה. רופא השיניים מבצע צילומי רנטגן בבדיקה שגרתית של חלל הפה והשיניים, והוא עשוי להפנות את המטופל לביצוע של צילומי רנטגן נוספים במידת הצורך.